Text

ANALISIS PEWARISAN MARKA MOLEKULER DAN EKSPRESI GEN IMUNITAS UDANG VANAME TAHAN WHITE SPOT SYNDROME VIRUS

---

Udang vaname (Litopenaeus vannamei) adalah spesies budidaya unggulan yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Komoditas ekspor udang budidaya utama di Indonesia juga didominasi oleh udang vaname. Budidaya udang vaname masih terkendala serangan penyakit, terutama penyakit akibat infeksi white spot syndrome virus (WSSV). Seleksi udang vaname yang secara genetik memiliki sifat tahan WSSV adalah salah satu cara pencegahan infeksi WSSV yang efektif. Udang vaname tahan WSSV dapat diperoleh melalui program seleksi berbasis marka molekuler. Penelitian ini menggunakan single nucleotide polymorphisms (SNP) pada gen anti-lipopolysaccharide factor (ALF) urutan basa ke-455 (SNP g455 A>G pada gen ALF) sebagai kandidat marka molekuler. SNP g. 455 A>G pada gen ALF didapatkan dengan cara membandingkan sekuen gen ALF pada udang vaname yang hidup dan mati setelah infeksi WSSV. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi efektifitas metode deteksi SNP g455 A>G pada gen ALF. menganalisis korelasi marka SNP pada gen ALF dengan daya tahan udang terhadap infeksi WSSV, mengukur ekspresi gen dan frekuensi SNP pada populasi yang tahan WSSV, serta menganalisis pewarisan marka SNP pada keturunan pertama (G₁) udang vaname hasil seleksi.
Udang vaname berumur 140 hari hasil seleksi dari Balai Produksi Induk Udang Unggul dan Kekerangan (BPIU2K) Karangasem berjumlah 10 famili digunakan dalam penelitian ini sebagai populasi generasi founder (Go). Deteksi SNP dilakukan menggunakan metode tetra-primer amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction (ARMS-PCR). Disain primer ARMS- PCR dibuat secara daring pada situs primerl. Deteksi SNP dilakukan pada 3 famili yang menunjukkan daya tahan WSSV terbaik dan I famili dengan daya tahan WSSV terendah, masing-masing famili sebanyak 30 ekor. Frekuensi SNP GG (g) yang diperoleh selanjutnya dibandingkan dengan tingkat kelangsungan hidup (TKH) udang setelah dilakukan uji tantang WSSV dengan dosis LD70 untuk menilai korelasi antara SNP g 455 A>G pada gen ALF dengan daya tahan udang vaname terhadap WSSV. Analisis ekspresi gen ALF dan gen imunitas dilakukan pada famili yang memiliki TKH tertinggi dan terendah pasca infeksi WSSV. Total RNA diekstraksi dari jaringan insang pasca infeksi WSSV dengan dosis LD70 pada jam ke-0 (sebelum injeksi WSSV), jam ke-20, jam ke-40, jam ke-60, jam ke-80, dan jam ke-100 masing-masing menggunakan tiga ulangan individu. Populasi udang Gi merupakan hasil persilangan resiprokal secara acak antar 3 famili Go terpilih yang memiliki pertumbuhan dan sintasan tertinggi. Analisis pewarisan marka molekuler SNP g 455 A>G pada gen ALF dilakukan dengan cara membandingkan frekuensi SNP pada Go dan
Gi berdasarkan perhitungan kesetimbangan Hardy-Weinberg. Deteksi SNP g455 A>G pada gen ALF berhasil dilakukan pada suhu annealing 57 °C dengan produk PCR sebesar 120 bp untuk alel G dan 248 bp untuk alel A. Famili udang vaname dengan TKH terendah memiliki frekuensi genotipe GG tertinggi. Hasil analisis genotipe antar famili menggunakan chi kuadrat dengan derajat bebas 1. didapatkan bahwa genotipe famili C berbeda secara nyata dengan famih terpilih lainnya (p

---

Availability

B23000171

TES 23-639.51.512.09 BAG a

Archivelago Indonesia Marine Library - Perpustakaan Kementerian Kelautan dan Perikanan

Available

Detail Information

Series Title

-

Call Number

TES 23-639.51.512.09 BAG a

Publisher

: ., 2023

Collation

xiii + 52hlm.; 21,5 x 30 cm

Language

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Classification

639.51.512.09

Content Type

-

Media Type

-

Carrier Type

-

Edition

-

Subject(s)

UDANG -- BUDIDAYA
UDANG VANAME (Litopenaeus vannamei)
Respon Imun
White Spot Syndrome Virus
Gen Imunitas

Specific Detail Info

-

Statement of Responsibility

-

Other version/related

File Attachment

Comments

---

You must be logged in to post a comment