Text

Variasi Genetik Udang Windu (Penaeus monodon Fabricius, 1798) Berdasarkan Gen Mitokondria Coi

---

Udang windu (Penaeus monodon) merupakan salah satu komoditas perikanan budidaya unggulan di Indonesia. Namun demikian, peningkatan produksi udang windu di Indonesia masih mengalami kendala dalam ketersediaan indukan. Salah satu solusi untuk menghasilkan indukan yaitu melalui program domestikasi. Oleh karena itu Kementerian Kelautan dan Perikanan melalui Balai Besar Perikanan Budidaya Air Payau (BBPBAP) Jepara melakukan program domestikasi Penaeus monodon. Namun Penaeus monodon yang digunakan untuk program domestikasi dan diambil dari berbagai wilayah perairan di Indonesia dimungkinkan merupakan spesies kriptik. Oleh karena itu penelitian ini difokuskan pada permasalahan spesies kriptik dan variasi genetik P. monodon yang digunakan sebagai sumber genetik dalam program domestikasi di BBPBAP Jepara, berdasarkan gen mitokondria cytochrome c oxidase sub unit I (COI). Sampel udang windu pada penelitian ini diambil dari empat populasi yaitu, Ujung Batee (Aceh), Jepara (Jawa Tengah), Takalar (Sulawesi Selatan) dan induk udang windu hasil budidaya BBPBAP Jepara. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Analisa dilakukan terhadap 558 pasangan basa dari 13 sekuen gen mitokondria COI sampel P. monodon dan empat sekuen P. monodon dari GenBank yang digunakan sebagai pembanding.
Hasil analisa sekuen gen mitokondria COI P. monodon terdapat 42 polymorphic sites dengan 37 parsimony informative. Selain itu juga terdapat enam haplotipe yang terbagi dalam dua clade berdasarkan analisa rekonstruksi pohon filogeni dengan metode Neighbour-Joining, Maximum Parsimony dan Maximum Likelihood dengan nilai bootstrap 100/100/100 (clade A) dan 100/99/87 (clade B) yang mengindikasikan adanya spesies kriptik. Analisa dengan Bayesian Inference juga menunjukkan dua clade dengan nilai posterior probabilities 1,00 pada clade A maupun pada clade B.. Jarak genetik antara dua clade berdasarkan metode Kimura-2-Parameter (K2P) sangat signifikan yaitu 6,9%, jauh diatas species delimiting threshold 10 kali yaitu 1,99%. Clade A menunjukkan variasi genetik yang lebih tinggi dengan keanekaragaman haplotipe (h) 0,778 dibandingkan clade B dengan nilai 0,286. Namun clade A menunjukkan keanekaragaman nukleotida (π) yang lebih rendah (0,002) dibandingkan dengan clade B (0,003). Hasil penelitian ini membuktikan terdapat dua spesies kriptik P. monodon yang digunakan dalam domestikasi di BBPBAP Jepara. Selain itu P. monodon dalam clade A menunjukkan variasi genetik yang lebih tinggi dari clade B. Berdasarkan hasil penelitian yang menunjukkan adanya spesies kriptik pada P. monodon, maka perlu dipertimbangkan penggunaan P. monodon dalam program pemuliaan.

---

Availability

B23000118

TES 639.512 MR v

Archivelago Indonesia Marine Library - Perpustakaan Kementerian Kelautan dan Perikanan

Available

Detail Information

Series Title

-

Call Number

TES 639.512 MR v

Publisher

: ., 2017

Collation

-

Language

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Classification

639.512

Content Type

-

Media Type

-

Carrier Type

-

Edition

-

Subject(s)

UDANG WINDU (Penaeus monodon)
perikanan budidaya
variasi genetik
Domestikasi
Gen mitokondria coi

Specific Detail Info

-

Statement of Responsibility

-

Other version/related

File Attachment

Comments

---

You must be logged in to post a comment