Respon Molekular Sekuens Nukleotida Reseptor β-aktin dan HSP (Heat Shock Protein) pada Benih Kakap Putih (Lates calcalifer) Terinfeksi Viral Nervous Necrosis
| Collection Location | Archivelago Indonesia Marine Library |
| Edition | |
| Call Number | TES 18-613.281 YUS r |
| ISBN/ISSN | |
| Author(s) | Yusuf Arif Wahyudi |
| Subject(s) | Karya ilmiah kakap putih Tesis Local Content Publikasi Internal |
| Classification | 613.281 |
| Series Title | GMD | Text |
| Language | |
| Publisher | Badan Riset dan Sumber Daya Mausia Kelauatan dan Perikanan |
| Publishing Year | |
| Publishing Place | 2018 |
| Collation | xxi,170 hlm; 21,5 cm x 30 cm |
| Abstract/Notes | Penyakit viral nervous necrosis (VNN) atau viral encephalopathy and retinopathy (VER) masih menjadi permasalahan utama bagi perikanan budidaya laut, payau, dan tawar di dunia (Costa and Thompson., 2016). Invasi B+VNN/VER menyebabkan aktifnya mekanisme pertahanan tubuh ikan (immune respons). Respon imun menyebabkan terjadinya ekspresi gen untuk menghasilkan beberapa gen imun sebagai protein antiviral sehingga dapat menyebabkan ekspresi gen aktin sitoskeleton, mempengaruhi stabilisasi, dan biologi inang, termasuk sintesis protein, seperti HSP (heat shock protein) dalam membantu lipat dan degradasi, transduksi sinyal, regulasi siklus sel, adaptasi seluler jangka panjang (Hsp90). Penelitian ini bertujuan untuk menentukan pengaruh serangan VNN terhadap respon reseptor β-aktin dan HSP organ target benih kakap putih (Lates calcalifer) melalui analisa RT-PCR, nested RT-PCR, dan Sekuensing sehingga dapat menggambarkan virulensi secara kualitatif dan kuantitatif, serta melakukan analisa ekspresi sekuens gen reseptor β-aktin dan HSP dengan membandingkan data pada GenBank. Penelitian ini dilakukan di laboratorium Balai KIPM Surabaya I selama 3 bulan, Januari – Maret 2018. Metode penelitian yang akan digunakan adalah deskriptif kualitatif. Deteksi menggunakan metode RT-PCR, nested RT-PCR, dan Sequensing. Analisa data sekuensing menggunakan program Mega ver.6 (software) dan dibandingkan dnegan sekuens data GenBank. Hasil penelitian yaitu invasi virus RNA VNN pada sampel benih kakap putih (Lates calcalifer) terdeteksi sebanyak 6 (enam) sampel positif dengan menggunakan metode nested RT-PCR pada band 294 bp. Invasi virus RNA VNN pada sampel benih ikan kakap putih (Lates calcalifer) menyebabkan ekspresi gen reseptor β-aktin dan HSP, terdeteksi pada sampel (+) VNN menggunakan metode RT-PCR pada masing – masing band yaitu : β-aktin – 150 bp; Hsp40 = 964 bp; Hsp60 = 652 bp; Hsp90α = 219 bp; Hsp70 = 562 bp; Hsc70 = 148 bp; dan Hsp90β = 229 bp. Ekspresi gen β-aktin dan Hsc70 juga terdeteksi pada sampel negative (-) VNN dengan menggunakan metode deteksi RT-PCR pada β-aktin = 150 bp dan Hsc70 = 148 bp. Secara semikuantitatif menggunakan analisa software imageJ, ekspresi gen reseptor β-aktin dan HSP menghasilkan kecenderungan meningkat pada sampel positif (+) VNN dibandingkan sampel negative (-) VNN. Analisa nukleotida hasil sekuensing pada virus RNA VNN menunjukkan kekerabatan 99% dengan isolate RGNNV dan pola sekuens nukleotida yang terbentuk kearah pola substitusi transisi. Analisa nukleotida hasil sekuensing gen reseptor β-aktin dan HSP menunjukkan terjadinya peningkatan pola substitusi kearah substitusi transisi dan pembentukan asam amino hidrofilik/polar, serta adanya kekerabatan atau homologi pola nukleotida hasil ekspresi β-aktin dan HSP pada ikan lainnya data GenBank. Penelitian lanjutan mengeksplorasi penggunaan respon reseptor HSP dan β-aktin sebagai penanda biologis (biomarker) pada berbagai kasus infeksi lainnya, selain infeksi virus RNA VNN. Khususnya penelitian untuk mengeksplorasi secara biomolekuler fungsi pathogenomik dan proteomic sebagai respon antiviral. Penelitian lanjutan untuk membandingkan ekspresi HSP dan β-aktin pada infeksi virus RNA VNN di setiap fase perkembangan ikan, mulai dari benih, remaja, dan dewasa sehingga diperoleh data yang lebih spesifik dan mendetail. |
| Specific Detail Info | |
| Image |  |
| Back To Previous |