Penyelenggaraan Sail komodo bertujuan untuk menggalang keterpaduan dan sinergi program lintas kementerian/lembaga dalam rangka pelaksanaan pembangunan serta kesejahteraan rakyat secara berkelanjutan. Sail Komodo juga dimaksudkan untuk membuat model percepatan pembangunan daerah kepulauan dan daerah terpencil, serta mempromosikan lokasi Sail sebagai tujuan wisata nasional dan Internasional.