Bendungan atau waduk memainkan peranan yang penting dalam kehidupan manusia, menyediakan air, mengendalikan banjir, irigasi pertanian, fasilitasi navigasi, pariwisata, dan pembangkit tenaga listrik. Namun demikian, waduk menghasilkan fragmentasi habitat dan perubahan ekosistem yang memiliki dampak bagi fauna perairan. Penelitian tentang \ genetika populasi ikan belida (Chitala lopis) dilakukan pada tahun 2010 di Waduk Kutopanjang dan Sungai Kampar Provinsi Riau. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui fenomena integritas genetik populasi ikan belida (Chitala lopis, Bleeker 1851) di Waduk Kutopanjang dan Sungai Kampar. Contoh ikan diambil secara acak dengan jumlah 10 spesimen di Waduk Kutopanjang dan 38 spesimen di Sungai Kampar. Darah ikan belida dari masing-masing spesimen dikoleksi dan diekstraksi menggunakan “Geneaid DNA ekstraksi kit”. Bagian gen mtDNA yang digunakan adalah daerah D_Loop. Integrasi genetik kelompok ikan belida di Sungai Kampar dan Waduk Kutopanjang dibandingkan melalui analisis filogeni Neighbour Joining (NJ) Kimura 2 parameter. Analisa jarak genetik Nei menggunakan Program MEGA 4.0 dan AMOVA dalam Program ARLEQUIN 4.0. Hasil penelitian menunjukkan populasi ikan belida di waduk Kutopanjang secara genetik tidak berbeda dengan populasi ikan belida di Sungai Kampar.