Untuk mendukung pengembangan budidaya rumput laut, pemantauan kualitas perairan secara berkala dan berkelanjutan merupakan satu syarat penting. Analisis spasial dan statistik multivariat telah digunakan dalam penelitian ini untuk mengkaji kondisi kualitas perairan di Selat Alas Kabupaten Sumbawa. Parameter penting kualitas perairan meliputi fisik, kimia, dan biologi perairan telah dikumpulkan dari 32 stasiun. Stasiun pengamatan disebar secara acak sederhana sehingga dapat mewakili lokasi yang disurvai. Hasil analisis menunjukkan bahwa kondisi kualitas perairan masih dalam kategori ideal untuk pengembangan budidaya rumput laut. Analisis statistik multivariat dengan analisis klaster telah membagi kawasan penelitian di Selat Alas menjadi dua kelompok yang berbeda yaitu klaster 1 dan klaster 2. Klaster 1 merupakan kawasan yang cukup terbuka dan relatif kurang subur. Sedangkan klaster 2 merupakan kawasan yang cukup terlindung dan relatif subur. Klaster 2 ini sangat ideal dimanfaatkan untuk pengembangan budidaya rumput laut. Dengan pendekatan spasial dan analisis klaster ini dapat digunakan untuk merancang pengambilan titik pengamatan di masa yang akan datang sehingga lebih efektif dan efisien.