Image of Transposon Insertion Phenomenon during Cloning of a Partial Fragment Derived from Metagenomic DNA Isolated from Deep-Sea Water and Sediment of Kawio Island, North Sulawesi

PDF

Transposon Insertion Phenomenon during Cloning of a Partial Fragment Derived from Metagenomic DNA Isolated from Deep-Sea Water and Sediment of Kawio Island, North Sulawesi



Transposon yang dikenal sebagai mobile element ditemukan melimpah pada genom prokariot maupun eukariot. Pada bakteri, transposon dapat berpindah dari kromosom ke dalam plasmid dan atau sebaliknya. Salah satu jenis transposon yang ditemukan pada bakteri yang dikenal sebagai insertion sequence (IS), diketahui tidak mengkode gen tambahan lain kecuali gen pengkode transposase, yaitu enzim yang berperan pada aktivitas transposisi dari suatu transposon. Penemuan fenomena aktivitas insersi (transposisi) dari suatu transposon secara tidak sengaja ditemukan pada saat proses kloning suatu fragmen parsial yang berasal dari DNA metagenom laut¬dalam pada penelitian ini. Pada mulanya, penelitian ini bertujuan untuk mengklon dan mengkarakterisasi gen pengkode a¬amilase yang ditapis dari DNA metagenom yang diisolasi dari air dan sedimen laut¬dalam perairan Pulau Kawio, Sulawesi Utara. DNA metagenom berhasil diisolasi dari sampel air dan sedimen laut¬dalam dan dengan menggunakan teknik Whole Genome Amplification (W GA) berhasil ditingkatkan kuantitasnya hingga mencapai 146,31 ng untuk setiap 1 ng DNA metagenom. Suatu fragmen parsial berukuran ~1000 pb berhasil diisolasi dengan menggunakan metode
touchdown PCR. Fenomena kehadiran transposon dalam fragmen parsial tersebut terungkap pada saat proses kloning di mana terjadi perubahan ukuran fragmen menjadi hanya 310 pb pada akhir tahapan kloning. Analisis hasil sekuensing menunjukkan kemiripan tertinggi fragmen tersebut dengan gen pengkode replication protein (Rep) dari bakteri Pseudomonas putida (Query Coverage: 88%; Max. Identity: 80%, Positive: 86%) dan protein ini diketahui terlibat pada proses replikasi plasmid di mana gen pengkode transposase juga diketahui hadir bersama gen ini (gen Rep) pada plasmid suatu bakteri.


Availability

B1801277Koleksi DigitalArchivelago Indonesia Marine Library - Perpustakaan Kementerian Kelautan dan PerikananAvailable

Detail Information

Series Title
-
Call Number
Koleksi Digital
Publisher KKP-BRSDM : 2013.,
Collation
-
Language
English
ISBN/ISSN
-
Classification
NONE
Content Type
-
Media Type
-
Carrier Type
-
Edition
-
Subject(s)
Specific Detail Info
-
Statement of Responsibility

Other version/related

No other version available


File Attachment



Information


RECORD DETAIL


Back To PreviousXML DetailCite this


Search Cluster