Variasi genetik ikan nila merah “Cangkringan” hasil pemuliaan dimonitor dengan menggunakan marker d-Loop DNA untuk mengetahui pembawa keragaman genetik yang dihasilkan karena kegiatan seleksi. DNA diekstraksi dari sirip ikan nila generasi 1 (F-0) hingga generasi ke-5 (F-4) dan diamplifikasi daerah d-Loop pada mitokondria menggunakan primer LH 1509 dan FH 1202. Secara statistik tidak terdapat perbedaan genotipe yang nyata antara ke-5 generasi ikan nila yang diuji. Terdapat penurunan variasi genetik dan kehilangan haplotipe sebesar 25% dari generasi pertama ke generasi 5 akibat seleksi berdasarkan komposite haplotipe dengan empat enzim restriksi Mbo-I, Hae-III, Rsa-I, dan Alu-I.